Kuypers publiceerde talloze boeken op wijsgerig, theologisch en pedagogisch/psychologisch  terrein, waaronder:

• Spelen met beelden - Een theoretisch-kritische studie over de zin of onzin van een christelijk-religieus-georiënteerde pedagogie(k) onder auspiciën van S.A. Kierkegaard (Van Gorcum, Assen, 1987),
• Kierkegaard en de twintigste eeuw (Kok Agora, Kampen, 1989),
• Verantwoordelijk handelen - De uitdaging van een nieuwe toekomst (Acco, Leuven/Amersfoort, 1990),
• Wittgenstein (Kok Agora, Kampen, 1991),
• Heeft God nog een kans? - Verantwoordelijk handelen en de vraag naar God (Garant, Leuven/Apeldoorn, 1992),
• In de ban van het bestaan - Variaties op de vraag naar zin, naar God en naar schoonheid (Garant, Leuven/Apeldoorn, 1992),
• De levende Kierkegaard (Garant, Leuven/Apeldoorn, 1994),
• Op weg met Levinas (i.s.m. prof. dr. R. Burggraeve; Garant, Leuven/Apeldoorn, 1998),
• Luisterend Denken - Moderne westerse ideeëngeschiedenis (Garant, Leuven/Apeldoorn, 2002),
• Verscheurd paradijs - Wijsgerige en pedagogische verkenningen over een ontwortelde cultuur (Garant, Antwerpen/Apeldoorn, 2007). 
• Wachten op God? - Kritiek van de utopische verbeeldingskracht (Garant, Antwerpen/Apeldoorn, 2010) 
• Stilte en onrust - Fragmenten uit de alledaagsheid (Garant, Antwerpen/Apeldoorn, 2014)
• De Pensato - Het gehoorde onhoorbare (Gopher, Amsterdam, 2016)
• Leren luisteren is leren denken - De taak van de 'nieuwe criticus' (Climacus, Oostende, 2016)
• Pensieri Musicale - Luisteren en denken in het licht van de eeuwigheid (Climacus, Oostende, 2017).
  

Hij publiceert artikelen en columns op bovengenoemde terreinen in allerlei vaktijdschriften en dagbladen. 

Kuypers schrijft ook over klassieke muziek en jazz in gerenommeerde muziektijdschriften.

Kuypers was eindredacteur en co-auteur van de boekenreeks Rondom Filosofen (Garant, Antwerpen/Apeldoorn). In deze reeks verschenen delen over Friedrich Nietzsche (1990), Ludwig Wittgenstein (1991), Edward Schillebeeckx (1991), Martin Heidegger (1993), Baruch de Spinoza (1993), Søren Kierkegaard (1994) en Emmanuel Levinas (1998). 

De (door Kierkegaard en Wittgenstein geïnspireerde) roman Liefde - Niets dan liefde (Garant, Leuven/Apeldoorn) verscheen in 1993.

In 1996 en 1997 bracht hij twee cd’s uit (Impressions en Investigations; JCProductions, Maastricht) – waarop solopiano-interpretaties van jazzstandards en enkele eigen composities zijn vastgelegd. 

Zijn in 2010 verschenen boek Wachten op God? - Kritiek van de utopische verbeeldingskracht maakte reeds voor verschijnen nogal wat los in de media en kan worden beschouwd als zijn hoofdwerk.